Standardy analýzy genomických a proteomických dat

Nové technologie jsou vyvíjeny relativně rychlým tempem a každá z nich buď vyžaduje adaptaci již existujících, nebo častěji vývoj nových robustních analytických metod a jejich softwarových řešení.  Nutnost správné interpretace těchto dat ve smyslu získání nových biologicky významných poznatků tedy klade velké požadavky na moderní bioinformatiku, matematiku a statistiku.

S každou novou technologií vzniká velké množství analytických přístupů popisujících, které statistické metody a v jaké posloupnosti by se měly použít pro úpravu těch konkrétních dat a jejich následnou analýzu.

Těchto přístupů je tolik, že vznikají speciální spolky, které si kladou za cíl vytvořit standardy správných analýz, a pro relativně starší technologie takové standardy již existují. Příkladem může být mezinárodní projekt MAQC (MicroArray Quality Control) [http://www.fda.gov/ScienceResearch/BioinformaticsTools/MicroarrayQualityControlProject/], který již vypracoval tři protokoly správné analýzy dat z mikročipových experimentů (MAQC I [REF] a MAQC II [REF]) a nejnověji pracuje na tvoření standardů analýzy dat sekvenace nové generace (MAQC III).

U mnoha typů těchto dat ale dosud metody jejich analýzy nebyly standardizovány, a je proto nutné přistupovat k analýze těchto dat zodpovědně a navržené algoritmy a metody kriticky hodnotit a neustále studovat relevantní literaturu a pídit se po porovnávajících studiích nebo existenci nových protokolů.

Tento učební text odráží aktuální stav a zde uvedené postupy analýzy dat buď představují doporučené protokoly (existují-li) nebo postupy nejvíce používané, případně postupy, se kterými máme nejlepší zkušenosti.