Úvod

Jak jsme již uvedli výše, abychom získali číselné hodnoty, které představují relativní abundanci (množství) DNA nebo RNA zachycené na každé sondě mikročipu, musíme po hybridizaci vzorků na mikročipové sklíčko provést dva další kroky: skenování  a  kvantifikaci signálu.

Jsou to právě vlastnosti fluorescenčních barviv použitých pro označení vzorků při přípravě vzorků k hybridizaci, které umožňují detekci hybridů DNA za použití laserových skenerů. To je obecný princip, který stojí za kvantifikací signálu většiny DNA mikročipů.

Laser jisté vlnové délky excituje fluorescenční barvivo přítomné v každém spotu mikročipu a barvivo emituje záření, které je zachycováno fotonásobičem. Množství emitovaného signálu je přímo úměrné množství barviva a tedy množství zachycené DNA ze vzorku na spotu mikročipu. Tyto hodnoty jsou získány a kvantitativně vyjádřeny na skeneru, který tak vytváří obrázek mikročipového sklíčka. Právě z pixelů tohoto obrázku dochází pomocí metod analýzy obrazu ke kvantifikaci signálu na hodnoty abundance DNA (exprese RNA) zachycených na jednotlivých spotech.

Tato analýza vede k získání základní datové matice (angl. raw data), která obsahuje kvantifikované hodnoty jednotlivých spotů a jejich odvozené statistiky pro každý mikročip.

Podle typu mikročipu (cDNA, oligonukleotidový apod.) a počtu kanálů (jednokanálový vs dvoukanálový) se liší i analýza obrazu. Proto tuto kapitolu rozdělíme na analýzu cDNA mikročipů a analýzu oligonukleotidových mikročipů.