Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Základní schémata statistické analýzy dat Příklady k procvičení

Logo Matematická biologie

Příklady k procvičení

1. Jakým typem analýzy dat by jste přistupovali k řešení těchto tyto biomedicínských problémů:

a. Nalezení genů jejichž exprese bude sloužit ke stanovení diagnózy roztroušené sklerózy.
b. Kolik existuje skupin proteinů s podobnou expresí v konkrétním podtypu nádoru tlustého střeva?
c. Které biologické procesy jsou odlišné mezi estrogen-receptor pozitivním a estrogen-receptor negativním karcinomem prsu?

Řešení

a. Predikce skupin - vyhledáváme geny a budujeme klasifikační pravidlo.
b. Objevování skupin - hledáme shluky proteinů se stejnou expresí.
c. Porovnání skupin a analýza genových sad (pathway analýza) - nejdříve identifikujeme odlišně exprimované geny mezi skupinami ER+ a ER- a pak na nich provedeme analýzy genových sad abychom určili biologické dráhy, které se mezi skupinami liší.

2. Co je nevýhoda statického řezu dendrogramu a kde se tato metoda využívá?

Řešení

Statický řez je metoda prořezání dendrogramu v hierarchickém shlukování, která umožňuje definovat skupiny vzorků nebo genů. Nevýhoda této metody je její neschopnost odlišit shluky na různých hladinách řezu a tedy různou vnitřní mírou podobnosti, což vede k vysokému výskytu nezařazených vzorků nebo k příliš komplexním shlukům.
 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict