Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Princip a rozdělení DNA mikročipů Výroba DNA mikročipového sklíčka

Logo Matematická biologie

Výroba DNA mikročipového sklíčka

Mikročipová sklíčka jsou vyráběna buď komerčně nebo na zakázku v jednotlivých laboratořích. Výhodou komerčních DNA mikročipů je jejich vysoká kvalita. Většina společností nabízí celogenomové DNA mikročipy navržené pro nejvíce studované organismy, jako jsou člověk, myš, krysa, nebo kvasinky.  Mnoho společností také nabízí specializované čipy, které jsou vhodné ke konkrétnějším výzkumům (čipy rakoviny tlustého střeva, čipy rakoviny prsu,…).

Na druhé straně, zakázková výroba mikročipů umožňuje specifický design i výrobu v malých seriích. To ovšem vyžaduje laboratoř, která má mikročipovou tiskárnu nebo spotovací zařízení k výrobě čipu.
Existuje několik technik, které se používají k výrobě mikročipů, snad nejvíce používané je spotování a in-situ syntéza. Další je technika BeadArray.

Spotování  -  Sondy (oligonukleotidy, cDNA klony) o velikosti 500-5000 párů bází jsou syntetizovány ještě dříve, než jsou naneseny na povrch čipu, a pak jsou umístěny do spotů na povrch mikročipu. Tato procedura je vykonávána robotickou rukou s jemnými jehlami. Během procesu potisku jsou jehly vnořeny do nádob obsahujících sondy (jedna jehla na jednu sondu), které jsou pak přeneseny a natisknuty do určené oblasti na povrchu sklíčka. Jelikož lze sondy a tisková místa jednoduše přizpůsobovat, je tato technika celosvětově používána k výrobě zakázkových mikročipů výzkumnými týmy ve vlastních laboratořích.

Následující video ukazuje spotujícího mikročipového robota v akci:
http://www.youtube.com/watch?v=Pjr1Oyc0KrY&feature=related

Speciální přístup je technika BeadArray  od firmy Illumina, která sondy neumisťuje na spoty přímo na sklíčko, nýbrž na mikroskopické kuličky. Ty jsou pak náhodně umístěny na povrch mikročipu s malými prohlubněmi.  

In situ syntéza - Tato metoda syntetizuje krátké sekvence sond (oligonukleotidy) přímo na sklíčku a je založena na fotolitografické syntéze. Při této metodě se používá světlo a světlocitlivé látky, které maskují nukleotid. V každém kroku dochází k navázání jednoho typu nukleotidu pouze na ty sondy, které byly světlem odmaskovány za pomoci selektivní mřížky (Pease et al., 1994).  Po  navázání nukleotidu se opět všechny zamaskují pomocí světlocitlivé látky a celý proces se opakuje, až dokud všechny sondy nedosáhnou svou konečnou délku.

Hezkou demonstraci celého procesu lze vidět na tomto videu:
http://www.youtube.com/watch?v=ui4BOtwJEXs&feature=related

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict