Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů Normalizace a sumarizace Normalizace v rámci mikročipu

Logo Matematická biologie

RMA konvoluce

RMA - Robustní vícečipový průměr, Anglicky Robust Multichip Average (RMA). Tato metoda, po které byl pojmenován jeden celý algoritmus normalizace dat zahrnující normalizaci mezi sklíčkami a následnou sumarizaci (Irrizary a kol, 2003), normalizuje PM hodnoty s pomocí globálního modelu rozdělení PM intensit sond. Pracuje tedy se všemi čipy v experimentu. Předpokladem této metody je, že PM hodnoty se skládají ze součtu dvou komponent: šumu B s normálním rozdělením (o průměru  a variabilitě ) a signálu S s exponenciálním rozdělením (o průměru ). Pozorujeme-li intensitu Y, tak její normalizovaná hodnota je vypočtena následovně:

(4.10)

kde  jsou hustota a distribuční funkce standardizovaného normálního rozdělení.

Opět funkce bg.correct umožňuje korekci na pozadí pomocí RMA:

> Data.bg.rma = bg.correct(Data, method="rma")

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict