Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů Normalizace cDNA mikročipů a vytvoření finální datové matice Sumarizace a vytvoření finálního datového souboru

Logo Matematická biologie

Sumarizace a vytvoření finálního datového souboru

Normalizované hodnoty jednotlivých sond u cDNA mikročipů je potřeba ještě sumarizovat, protože některé sondy jsou na čipu z důvodů kontroly kvality spotovány vícekrát. Obvyklou sumarizací je průměr, protože replikátů sond je obvykle poměrně málo. Je vhodné (viz tabulka 3.1) vypočítat také standardní odchylku, která spolu s mediánem může sloužit k dalšímu rozhodování o kvalitě sond. Například sondy s příliš vysokou variabilitou (poslední řádek tabulky 3.1) nelze považovat za reliabilní a proto bychom je měli z analýzy vyřadit.

V případě, že některé z replikátů byly analýzou obrazu, nebo naší vlastní následnou kontrolou kvality, označeny za nekvalitní, máme dvě možnosti – buď budeme pracovat se zbývajícími replikáty (přičemž si uchováme informaci o počtě kvalitních replikátů, abychom mohli pak ad-hoc interpretovat správně výsledky), nebo sondy s pouze jedním replikátem vyřadíme.

Tab. 3.1: Ilustrace sumarizace replikátů sond u cDNA mikročipů.

Sonda
Replikát
Průměr
Medián
SD
Počet
kvalitních
spotů
1
2
3
A_23_P347643
-0,186
-0,265
-0,313
-0,254
-0,265
0,052
3
A_23_P60243
0,523
flag
flag
0,523
0,523
0,000
1
A_23_P116057
0,039
-0,978
flag
-0,495
-0,495
0,500
2
A_23_P203743
-0,614
0,537
1,589
0,504
0,537
0,899
3

V další kapitole si představíme nástroje a metody kontroly kvality a normalizace u oligonukleotidových mikročipů.

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict