Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů Kontrola kvality Kontrola na úrovni mikročipů

Logo Matematická biologie

Kontrola kvality na základě parametrů Affymetrix

Balík simpleaffy implementuje základní funkce, které počítají sumarizace parametrů kvality GeneChip mikročipu (výuková jednotka Princip a analýza obrazu DNA mikročipů, Parametry kontroly kvality)

> library(simpleaffy)

> Data.qc = qc(Data)

Podle návodu Affymetrixu by průměrné hodnoty pozadí měly být porovnatelné, v našem případě má čip 2 celkem porovnatelné hodnoty, ale čip 14 naopak hodnoty pozadí vysoké:

> avbg(Data.qc)

    1         2         3         4         5         6         7        14

 67.34494  68.18425  42.12819  61.31731  53.64844  49.39112  75.14030 128.41264

Škálové faktory by se neměly lišit více než třikrát, u čipů 7 a 14 nalézáme velice nízkou hodnotu:

> sfs(Data.qc)

4.905489  9.765986 10.489529  7.053323  7.561613 13.531238  3.394921  2.475224

Procento přítomných sond by mělo být také porovnatelné, přičemž extrémně nízké hodnoty jsou znakem nízké kvality. V našem případě je na tom nejhůř čip 6.

> percent.present(Data.qc)

1.present  2.present  3.present  4.present  5.present  6.present  7.present

  26.53124   21.65158   25.58181   23.53279   23.35615   17.96423   25.98808

14.present

  25.25061

Nakonec, 3’/5’ poměry našich dvou kontrolních sond by neměly překročit hranici tří, v našem příkladu tedy nenalézáme problém s degradací RNA.

> ratios(Data.qc)

actin3/actin5 actin3/actinM gapdh3/gapdh5 gapdh3/gapdhM

1      0.3235390   -0.19439139    0.05796629   0.124796386

2      0.9697007    0.12291462    0.16387418   0.186060416

3      0.4661537   -0.14331962   -0.15570382   0.087257801

4      1.2567868    0.15861351    0.57552773   0.321293776

5      0.6036608    0.02095918   -0.14019396  -0.202502205

6      0.3798125   -0.15918419   -0.01830517   0.272162574

7      0.1798010   -0.17254313    0.02265892  -0.002148196

14     0.6715308    0.02916033    0.24674941   0.218833162

 

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict