Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Analýza obrazu (kvantifikace signálu) DNA mikročipů Příklady k procvičení

Logo Matematická biologie

Příklady k procvičení

1. Popište tři hlavní kroky analýzy obrazu.

Řešení

  1. Lokalizace center spotů
  2. Segmentace -  nalezení spotů, odlišení intensity spotů od pozadí
  3. Kvantifikace signálu –  na spotu i na pozadí

2. Co uděláte s koblihovým spotem?

Řešení

Jedná sa o spot zlé kvality, proto ho pro další analýzy označíte jako nekvalitní.

3. Jaký tvar mají spoty u Affymetrix čipu a jaká je mezi spoty vzdálenost?

Řešení

Affymetrix čipy mají čtvercové spoty a není mezi nimi žádá mezera.

4. Vyjmenujte alespoň tři proměnné které se vyskytují u základních datových matic všech programů pro analýzu obrazu.

Řešení

  • identifikační číslo sondy na spotu
  • pozice spotu na mikročipu
  • informace o kvalitě spotu
 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict