Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů Normalizace cDNA mikročipů a vytvoření finální datové matice Normalizace mezi mikročipy

Logo Matematická biologie

Kvantilová normalizace

Je založena na pořadí pozorování, a je tedy neparametrická. Kvantilovou normalizaci můžeme provést buď na skupině všech genů, nebo pouze na skupině vybraných kontrolních genů. V druhém případě se normalizace provede pouze na vybrané skupině genů, a pak jsou lineární interpolací odhadovány zbývající intenzity spotů u každého čipu.

Princip kvantilové normalizace spočívá ve sjednocení hodnot všech kvantilů mezi  normalizovaným a referenčním mikročipem. Algoritmus je nasledující:

  1. U každého mikročipu seřaď naměřené hodnoty signálu (exprese) všech sond od nejmenší po největší.
  1. Urči referenční rozložení, podle kterého se budou normalizovat ostatní mikročipy. Existuje více možností:
    1. Vytvoření referenčních hodnot jako průměru signálů expresí všech normalizovaných mikročipů

    2. Jednoduché stanovení jednoho z mikročipů jako reference
       
  2. Pro každou pozici j v tomto seřazeném seznamu (j=1...K, kde K je počet sond na mikročipu) nahraď hodnotu exprese sondy na pozici j u každého z normalizovaných mikročipů hodnotou exprese na pozici j referenčního mikročipu.

Hodnoty exprese každého čipu jsou tak permutacemi hodnot exprese referenčního čipu a rozložení mezi čipy je stejné.

 

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict