Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Současné výzvy a technologie genomiky a proteomiky Bioinformatika a statistika v analýze genomických a proteomických dat Software pro analýzu

Logo Matematická biologie

Software pro analýzu

Snad až na několik výjimek, jakými jsou například programy pro analýzu obrazu, budou praktické příklady celé této učebnice prováděny ve volně dostupném softwaru R [http://www.r-project.org/]. Ačkoliv má tento systém svoje rezervy v analýze opravdu rozsáhlých datových matic, je zároveň nejrozšířenějším v oblasti analýzy genomických a proteomických dat a jeho nástavba Bioconductor [http://www.bioconductor.org/] je pro tyto data přímo určena. Většina nových analytických řešení v této oblasti nabízí algoritmické řešení v R v podobě knihovny již v době publikace, proto jsou nejnovější metody dostupné ihned.

Jiné metody, jako například SAM (significance analysis of microarrays) [http://statweb.stanford.edu/~tibs/SAM/] jsou k dispozici také v programu EXCEL, nebo jsou programovány pouze v Javě (například StepMiner 1.0 [http://chicory.stanford.edu/sahoo/public/StepMiner/]). 

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict