Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Analýza genových sad Nástroje pro analýzu genových sad Metody smíšené

Logo Matematická biologie

Metody smíšené

Nejznámější ze smíšených metod je metoda GSEA – gene set enrichment analysis (analýza obohacení genové sady). Tato metoda na sadě genů seřazených podle p-hodnot nebo T-statistik sleduje, zda jsou geny z genové sady náhodně rozložené v tomto seřazeném listu, či zda se vyskytují v horních - tedy významých - pozicích.

Algoritmus je jednoduchý a využívá permutací pro stanovení významnosti:

1. Výpočet skóre obohacení (ES).

2. Odhad významnosti ES (p-hodnota) na základě permutačního testu.

3. upravení p-hodnot na problém mnohonásobného testování

Obrázek níže ilustruje algoritmus.

 

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict