Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Analýza obrazu (kvantifikace signálu) DNA mikročipů cDNA mikročipy Parametry kontroly kvality

Logo Matematická biologie

Parametry kontroly kvality

V ideálním případě mají spoty stejnou velikost, jsou opravdu rovnoměrně rozloženy, míra hybridizace (případně nastavení skeneru) nevyústila v saturaci pixelů na spotech a segmentace proběhla bezchybně. Ve skutečnosti to však tak není, a proto program analýzy obrazu generuje informaci o kvalitě jednotlivých spotů a jejich měření.

Tyto informace jsou pak součástí výstupní základní datové matice, a slouží k vytvoření proměnné Flags, která obsahuje kategorie kvality ve formě kvalitativní proměnné kódované obvykle celočíselnými hodnotami.  Kategorie kvality jsou určeny na základě pravidel buď defaultně nastavených programem, nebo manuálně uživatelem.

Parametry kvality nejčastěji zahrnují:

  • Cirkularitu spotu
  • Počet pixelů ve spotu
  • Průměr spotu (v pixelech)
  • Počet/procento saturovaných pixelů
  • Poměr intenzity signálu a šumu (pozadí) – anglicky signal to noise ratio
  • b-hodnotu: podíl pixelů pozadí s intensitou menší než je medián intensity spotu
  • p-skóre: jak velice se odlišuje centrum spotu od síťkou předepsané pozice

Program pro analýzu obrazu obvykle nechává uživateli možnost vizuální inspekce výsledku segmentace a manuálního označení nekvalitních spotů. Příklady nekvalitních a kvalitních spotů ukazuje obrázek 3.5.

Obr. 3.5: A) Saturovaný spot, B) Koblihový spot,  C) Spot nekruhového tvaru, D) Kvalitní spot kruhového tvaru

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict