Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů Normalizace a sumarizace Sumarizace

Logo Matematická biologie

Sumarizace

Sumarizace intenzit sond ze sady do jediné hodnoty představující expresi transkriptu (genu) je poslední částí zpracování základních dat oligonukleotidových mikročipů. Z pohledu R při sumarizaci vzniká z AffyBatch objektu objekt ExpressionSet, který již obsahuje pouze 1 řádek představující hodnoty jedné sady sond (a tedy transkriptu). Dostáváme tedy finální datovou matici.

Některé sumarizační metody operují pouze v rámci jednoho mikročipu, jiné berou do úvahy všechny mikročipy. V balíku affyPLM je k dispozici již výše zmíněná funkce threestep, která umožňuje provést všechny kroky normalizace, včetně sumarizace s výběrem velkého množství metod.

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict