Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Analýza genových sad


Logo Matematická biologie

Analýza genových sad

Již víme, že genová exprese nebo proteinová abundance se může změnit se změnou podmínek organizmu. Víme, jak najít odlišně exprimované geny mezi skupinami, a víme také, jak na základě genové exprese najít nové skupiny nebo vytvořit klasifikátor. Nakonec umíme zjistit, jestli exprese některého genu souvisí s přežitím. Co ale tyto změny znamenají na biologické úrovni? Geny a proteiny jsou navzájem propojené ve velké spleti různých signálních, metabolických a různých dalších drah. Jak odhalíme, které dráhy jsou významně zasaženy v důsledku změny exprese genů mezi skupinami? Právě tyto dráhy mohou být příčinou vzniku onemocnění, nebo mohou poskytnout klíč k nalezení správné terapie. Máme dvě možnosti, jak na tuto otázku odpovědět.

  • Geny, které najdeme odlišně exprimované mezi skupinami (porovnání skupin) můžeme vložit do databáze a podívat se kam patří (KEGG,MsigDB, ...). Nevýhodou však je to, že nemáme statistickou významnost toho, která z drah je zastoupena nejvíce.
  • Můžeme však také porovnávat všechny geny se skupinami genů v jednotlivých drahách s pomocí statistických přístupů, které se obecně nazývají metody analýzy genových sad.

Předpoklad těchto analýz je, že operují již s definovanými skupinami genů jednotlivých drah.

Jaký je rozdíl mezi genovou sadou a genovou dráhou? Genová sada je jakákoliv množina genů, například všechny geny patřící do jedné dráhy či všechny geny, které mají podobnou funkci. Genová sada není genová dráha; je to mnohem všeobecnější a méně specifický pojem.

Této analýze se někdy říká také pathway analýza (angl. pathway analysis).

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict