Kontrola kvality v rámci spotů

Základní datovou matici, kterou získáme z analýzy obrazu, dále upravujeme na úrovni jednotlivých spotů. Tento proces se liší u jednotlivých technologií.

V prvním kroku označujeme ty spoty, které jsou považovány za nekvalitní na základě různých kritérií kvality (např. z analýzy obrazu, viz výuková jednotka Princip a analýza obrazu DNA mikročipů, část Parametry kontroly kvality):

Velikost a tvar spotu

Příliš malé spoty neposkytují věrohodné odhady intensity hybridizace (Simon a kol., 2003) (spoty menší než < 25 pixelů by měly být odstraněny). Spoty s nepravidelným tvarem, případně "koblihové spoty" by také měly být označeny za nekvalitní.

Intensita signálu

Spoty s příliš nízkou intensitou signálu v obou kanálech jsou také problematické. Počítáme-li M hodnoty (tedy poměr sond), pak log2(610/590) = 0.048, ale log2(30/10) = 1.58 !

Poměr signál/šum by měl být dostatečně velký. Dobrý threshold je zhruba 3.

Saturace spotu

Kvalitní spoty by vůbec neměly obsahovat saturované pixely. Dojde-li k tomuto efektu u většího množství spotu, je potřebné skenování zopakovat s nižší intensitou UV záření.

Hodnoty nekvalitních spotů by neměly vstupovat do kroku normalizace ani dalších analýz, proto je v základní datové matici nahrazujeme chybějícími hodnotami.  U cDNA mikročipů je každý tranksript představován jednou sondou, která je na mikročipu z důvodu kontroly kvality  hybridizována do více spotů (obvykle dvou nebo tří). Jejich hodnoty jsou pak sumarizovány do jediné (průměr), představující daný trankript. Počet nekvalitních spotů stejné sondy je také měřítkem její kvality, a o případném vyřazení transkriptu, který sonda představuje, z následných analýz se rozhoduje až po vytvoření finální datové matice.