Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů Příklady k procvičení

Logo Matematická biologie

Příklady k procvičení

Na datovém souboru breast pomocí funkce threestep vyzkoušejte různé kombinace korekce na pozadí, normalizace mezi sklíčky, a sumarizace sond. Po každé normalizaci vykreslete MA graf.

Která kombinace metod z vyzkoušených Vám dává nejlepší výsledky? Pro inspiraci uvádíme korekci pozadí pomocí RMA, kvantilovou normalizaci a Tukeyho dvouváhový odhad:

> breast.norm = threestep(breast, normalize=TRUE, background=TRUE,

          background.method="RMA.2", normalize.method="quantile",

          summary.method="tukey.biweight")

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict