Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Analýza obrazu (kvantifikace signálu) DNA mikročipů Oligonukleotidové mikročipy Základní datová matice

Logo Matematická biologie

Základní datová matice

Kvantifikace intenzit probíhá pomocí speciálního Affymetrix softwaru za vzniku základní datové matice, která se ukládá do souboru s příponou .CEL. Tento soubor obsahuje identifikátory a intenzity PM i MM spotů (sond), spolu s dalšími informacemi o kvalitě dat.

Tyto data obvykle doprovází soubor CDF, který obsahuje další informaci o sondách, a to konkrétně, do které sady sond patří a jestli je PM nebo MM.

Na rozdíl od cDNA mikročipů, spot (tedy sonda) reprezentuje pouze část cílové sekvence, proto pro další analýzy je potřebné hodnoty sond z každé sady sumarizovat. Podobně jako u cDNA mikročipů dochází k logaritmování hodnot intenzit signálů, avšak pouze v jednom kanálu. Hodnota M je počítána speciálními funkcemi s pomocí PM (a případně i MM). U oligonukleotidových mikročipů tedy lze M definovat jako

(2.2)

kde f představuje funkci příslušnou metodám MAS5, RMA nebo dChip, které si popíšeme blíže ve výukové jednotce Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů.

V následující výukové jednotce - Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů se budeme věnovat úpravám základních datových matic, od dalších kontrol kvality přes jejich normalizaci až po vytvoření finálního datového souboru. 

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict