Základní datová matice

Kvantifikace intenzit probíhá pomocí speciálního Affymetrix softwaru za vzniku základní datové matice, která se ukládá do souboru s příponou .CEL. Tento soubor obsahuje identifikátory a intenzity PM i MM spotů (sond), spolu s dalšími informacemi o kvalitě dat.

Tyto data obvykle doprovází soubor CDF, který obsahuje další informaci o sondách, a to konkrétně, do které sady sond patří a jestli je PM nebo MM.

Na rozdíl od cDNA mikročipů, spot (tedy sonda) reprezentuje pouze část cílové sekvence, proto pro další analýzy je potřebné hodnoty sond z každé sady sumarizovat. Podobně jako u cDNA mikročipů dochází k logaritmování hodnot intenzit signálů, avšak pouze v jednom kanálu. Hodnota M je počítána speciálními funkcemi s pomocí PM (a případně i MM). U oligonukleotidových mikročipů tedy lze M definovat jako

(2.2)

kde f představuje funkci příslušnou metodám MAS5, RMA nebo dChip, které si popíšeme blíže ve výukové jednotce Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů.

V následující výukové jednotce - Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů se budeme věnovat úpravám základních datových matic, od dalších kontrol kvality přes jejich normalizaci až po vytvoření finálního datového souboru.