Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Analýza arrayCGH Porovnání metod

Logo Matematická biologie

Porovnání metod

Výběr metody závisí na tom, jaká je kvalita našich dat. Segmentační metody mají celkově dobrou výkonnost, avšak nejsou vhodné pro malé regiony a data zatížená šumem. Navíc, detekované segmenty se musí ještě rozdělit do biologicky relevantních regionů. Vyhlazovací metody mají naopak dobrý výkon na datech zatížených šumem a malých regionech, ale výsledkem je bohužel pouze vyhlazená křivka a ne zařazení regionů do biologicky relevantních regionů. Díky své sensitivitě je nevhodné pro detekci větších změn. Metody založené na skrytých Markovových řetězcích jsou výkonné pouze na datech nezatížených šumem a nejsou vhodné pro detekci malých regionů a data zatížená šumem. Navíc jsou výpočetně náročné. Nakonec, shlukovací metody jsou sice jednoduché na pochopení, ale neefektivní. 

Pro podrobné porovnání metod doporučujeme články Lai et al. (2005) a Willenbrock & Fridlyand (2007).

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict