Příklad metody celého seznamu

Pokračujeme v našem příkladu, tentokrát pomocí metod celého seznamu. Opět rozdělíme na uzavřenou a kompetitivní metodu:

3. Metoda uzavřená: Můžeme studovat rozložení p-hodnot v sadě genů. V případě, že žádné geny nejsou odlišně exprimované, mělo by se jednat o uniformní rozložení.

Podívejte se na histogram p-hodnot. Pík vlevo indikuje významnost některých genů. Jak nejlépe porovnat rozložení?  Aplikujeme Kolmogorov-Smirnov-Test. Výsledná p-hodnota je p = 0.082, což není statisticky významné.  Je to uzavřená metoda, protože používáme jen geny z genové sady.

4. Metoda kompetitivní: Alternativou k uzavřené metodě může být pozorování rozložení pořadí p-hodnot. To je tedy kompetitivní metoda, protože porovnáváme naši genovou sadu s ostatními geny v experimentu (pořadí genů v genové sadě závisí i na ostatních genech experimentu, které v sadě nejsou!):

Znovu aplikujeme Kolmogorov-Smirnov-Test. V tomto případě je p = 0.85, tedy statisticky nevýznamné.

Ani jedna z metod neprokázala statistickou významnost, proto můžeme říct, že tato sada nebyla v našem experimentu významně změněna.