Normalizace mezi mikročipy

Po odstranění intensity pozadí se aplikují metody normalizace mezi sklíčky. Ty nejběžnější jsme si popsali již dříve, ve výukové jednotce Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů, viz Normalizace mezi mikročipy – globální centrování, loess i kvantilová normalizace. Čtenáři doporučujeme seznámit se s dalšími metodami v doporučené literatuře.

Funkce normalize implementuje několik normalizačních metod. Centrování průměrem:

> Data.norm.scale = normalize(Data, method="constant")

Kvantilová normalizace:

> Data.norm.quant = normalize(Data, method="quantiles")

Cyklická loess:

> Data.norm.loess = normalize(Data, method="loess")

Také funkce threestep balíku affyPLM implementuje několik druhů normalizace. Jak již bylo řečeno výše, tato funkce vrací již sumarizované hodnoty.