Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza genomických a proteomických dat Úprava a normalizace dat oligonukleotidových mikročipů Normalizace a sumarizace Normalizace mezi mikročipy

Logo Matematická biologie

Normalizace mezi mikročipy

Po odstranění intensity pozadí se aplikují metody normalizace mezi sklíčky. Ty nejběžnější jsme si popsali již dříve, ve výukové jednotce Úprava a normalizace dat cDNA mikročipů, viz Normalizace mezi mikročipyglobální centrování, loesskvantilová normalizace. Čtenáři doporučujeme seznámit se s dalšími metodami v doporučené literatuře.

Funkce normalize implementuje několik normalizačních metod. Centrování průměrem:

> Data.norm.scale = normalize(Data, method="constant")

Kvantilová normalizace:

> Data.norm.quant = normalize(Data, method="quantiles")

Cyklická loess:

> Data.norm.loess = normalize(Data, method="loess")

Také funkce threestep balíku affyPLM implementuje několik druhů normalizace. Jak již bylo řečeno výše, tato funkce vrací již sumarizované hodnoty.

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict