Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Základy informatiky pro biologyAnalýza dat v R Grafické výstupy R Trellis grafy

Logo Matematická biologie

Trellis grafy

lattice je knihovna obsahující funkce, které kreslí tří a více dimenzionální bodové grafy tak, že je rozdělí dle dimenzí do grafů o dvou dimenzích.

Základní funkce je xyplot().
Rozdělení grafu na skupiny se zadává pomocí funkcionálního zadání: x ~ y | skupina

> library(lattice)

Podívejme se na datový soubor o zemětřeseních, který obsahuje údaje o 1000 seismických událostech o síle MB> 4.0. K událostem došlo nedaleko Fidži od roku 1964.

> data(quakes)

> head(quakes)
     lat   long depth mag stations
1 -20.42 181.62   562 4.8       41
2 -20.62 181.03   650 4.2       15
3 -26.00 184.10    42 5.4       43
4 -17.97 181.66   626 4.1       19
5 -20.42 181.96   649 4.0       11
6 -19.68 184.31   195 4.0       12

Data obsahují zeměpisnou šířku, délku, hloubku a sílu zemětřesení a počet monitorovacích stanic, které ho zaznamenaly.

Chceme si zobrazit události podle zeměpisné šířky, délky a zároveň hloubky, kde k událostem došlo.

Pro zobrazení rozdělme hloubku na intervaly o stejném počtu událostí (i za cenu překrytí intervalů a jejich různé délky):

> Depth <- equal.count(quakes$depth, number=8, overlap=.1)
> xyplot(lat ~ long | Depth, data = quakes)

Ekvivalentem k definici nastavení grafického prostředí par()je funkce trellis.par.get().

Funkce show.settings() vykreslí jednotlivé nastavení:

> show.settings()

Porovnejme xyplot() s funkcí pairs() (tradiční grafika), který by jsme použili v případě vykreslení grafů více proměnných:

> pairs(quakes[1:3])

Trellis grafy jsou založeny na layout(), proto jejich uspořádání měníme argumentem layout=c(columns, rows, pages):

> windows(8*7,14)
> xyplot(lat ~ long | Depth, data = quakes,layout=c(8,1))

Jak ale uspořádáme více lattice objektůVytvoříme objekt Trellis pro každý lattice graf, a pak každý z těchto objektů vykreslíme pomocí funkce print ():
> plot1 = xyplot(lat ~ long | Depth, data = Quakes)
> plot2 = xyplot(lat ~ long | Depth, data = Quakes, layout = c (8,1))
> print(plot1, position = c (0,0.6,1,1), moře = TRUE)
> print(plot2, position = c (0,0,1,0.7), moře = TRUE)

Níže uvádíme pro přehled další Trellis funkce:

- Funkce pro vykreslení jedné proměnné:
      'barchart' sloupcové grafy
      'bwplot' krabicové grafy
      'densityplot' kernel density grafy
      'dotplot' dot plots
      'histogram' histogramy
      'qqmath' grafy kvantilu proti matematickým rozložením
      'stripplot' 1-dimenzionální scatterplot

- Funkce pro vykreslení grafů o dvou proměnných
      'qq' qq plot pro porovnání dvou rozložení
      'xyplot' bodový graf (vícedimenzionální)

- Funkce pro vykreslení grafů pro tři proměnné:

      'levelplot' obrázková funkce
      'contourplot' kontury
      'cloud' 3-D bodový graf
      'wireframe' 3-D povrch

- Další grafy

      'splom' scatterplot matice
      'parallel' paralelní koordináty
      'rfs' residual and fitted value plot 
      'tmd' Tukey Mean-Difference plot

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Lékařské fakulty Masarykovy univerzity