Výstupy z výukové jednotky

Studenti:

• vypočítají nekorigované genetické vzdálenosti sekvencí DNA
• určí optimální substituční model porovnáním věrohodností modelů informačními kritériemi
• definují věrohodnost modelu při testování hypotézy jednak pro substituční model a jednak pro fylogenetický strom
• zhodnotí výpočet parametrů substitučního modelu, vektor frekvence báz a frekvenční matici
• vysvětlí rozdílnou rychlost evoluce bázových pozic podle gamma rozdělení a podle proporce nevariabilních pozic
• vypočítají fylogenetický strom metodou nejbližšího souseda na základě klastrování genetických vzdáleností
• vysvětlí limity použití klastrování při analýze sekvencí DNA
• interpretují vztahy mezi sekvencemi DNA podle jejich pozic ve fylogenéze a podpory pro jednotlivé uzly
• interpretují délku větví u fylogramů vypočtených metodami založenými na substitučním modelu a maximální parsimonií a u chronogramů
• vypočítají podporu uzlů fylogenetického stromu z bootstrapové analýzy