Přístup k blastu

Plně funkční, aktuální verze blastu, která se dotazuje na nejnovější genetické databáze, je dostupná výlučně z webového rozhraní GenBanky (NCBI; obr. 1). Na blast se dotazují i mnohé programy třetích stran, které umožňují zpracovávaní, editaci, anotaci nebo rekonstrukci fylogeneze sekvencí. Většinou neumožňují využít plnou funkčnost blastu. Ale jsou dostatečné pro první ověření nových sekvencí DNA.
NCBI poskytuje plně funkční aktuální balík programů blastu, který je možné používat bez přístupu k internetu. Jedná se o programy spustitelné z příkazového řádku a oproti webové aplikaci mají tu výhodu, že umožňují použití jak veřejných genetických databází stáhnutých na lokální počítače, tak i vlastní referenční databáze. Práce s lokální instalací blastu je výhodná při nutnosti analyzovat velké množství sekvencí. Webové rozhraní totiž omezí uživateli přístup pokud zasílá dotazy po řádově stovkách denně.