Výstupy z výukové jednotky

Studenti:

• vypočítají fylogenetický strom metodou nejbližšího souseda na základě shlukování genetických vzdáleností
• vysvětlí limity použití klastrování při analýze sekvencí DNA
• interpretují vztahy mezi sekvencemi DNA podle jejich pozic ve fylogenéze a podpory pro jednotlivé uzly
• interpretují délku větví u fylogramů vypočtených metodami založenými na substitučním modelu a u chronogramů

Metoda nejbližšího souseda (neighbor-joining, NJ) je rychlá, snadná a téměř spolehlivá. Jedná se o jedinou shlukovací metodu používanou při analýze vztahů mezi sekvencemi DNA. Všechny ostatní metody hodnotí možné stromy na základě optimalizačních kritérií, ale žádná jiná používaná metoda nesestavuje postupné shluky.

NJ metoda má své pevné místo a využití v přípravných analýzách ( SubstitucniModel), při určování počátečních stavů ( Alignment, ML a Bayes) nebo k rychlé vizualizaci předběžných výsledků ( Blast). V minulosti se využívala i k rekonstrukci fylogenetických vztahů. Jelikož je ale citlivá k nepřesnostem v určování genetických vzdáleností, její dnešní využití ve fylogenetické rekonstrukci ustoupilo robustnějším metodám (ML a Bayes).