Nejistota v anotaci

Často ale není možné ověřit laboratorně všechny anotované geny. V takových případech je vhodné sekvenci anotovat s přiznáním nejistoty v anotaci.

Typy přiznané nejistoty anotací genů, jak se vyskytují v záznamech genetických databází:

• Hypothetical - neznámá funkce, bez podobného záznamu v GenBance
• Conserved hypothetical - neznámá funkce, podobný záznam již existuje
• -like - protein vypadá podobně jako známý protein, ale bez jistoty, zda jde o ortology
  • Ortology – homologické sekvence u různých  druhů
  • Paralogy – homologické sekvence v jednom genomu po duplikaci lokusu
• Putative - pravdepodobně se jedná o protein
• Predicted - predikovaný protein bez biochemického ověření     

Samotný název proteinu by měl být používaný jen v případech, kdy daný gen byl u daného organismu jednoznačně identifikovaný (např. EST). Zároveň je hypotetické proteiny potřeba brát v úvahu jako možný cíl budoucího výzkumu. Např. cvičení ke kapitole Genetické databáze – gen pro protein microcin S měl v databázích ortology se 100% shodou sekvence aminokyselin, které byly značené jako „hypothetical protein“