Fylogenetický strom intuitivně

Upozornění: Tato kapitola představuje naivní text. Každopádně téma je natolik důležité, že je nutné použít všechny prostředky k pochopení látky. Interpretace vztahů je v jisté míře součástí prakticky všech výzkumů, ve kterých se vyskytují sekvence DNA, ale správná interpretace je vzácnější.

Představte si košatý, listnatý strom, ideálně na podzim, kdy z něj opadalo listí (obr.2). Nejstarší část stromu bude v místě, kde původně klíčilo semeno. Nejmladší části budou špičky větví a kořenů (tips, leaves, terminal nodes). Zároveň to budou části stromu, které budou od sebe nejvzdálenější. Jakákoliv vzdálenost na stromu vždy respektuje jeho hmotu, a tak měříme vzdálenosti, jak by se po stromu pohyboval mravenec, nikdy ne veverka, která skáče z větve na větev. Cesta mravence mezi sousedícími větvemi (branch, edge) povede přes nejbližší rozsochu větví (node, internal node). Toto místo je zároveň nejbližší místo, kde se dvě větve spojují (the most recent common ancestor, TMRCA). Vzdálenost mezi dvěma objekty na špičkách stromu povede po větvích, přes nejbližší společnou rozsochu. Když budou větve oddělující se od rozsochy různě dlouhé, znamená to, že rostly rozdílnou rychlostí, protože doba růstu z jedné rozsochy je pro obě větve stejná. Někdy se ovšem nedá s jistotou říct, v jakém pořadí se větve oddělovaly. Především u starších rozsoch, které jsou blíž ke kořenům, se pořadí určuje těžko. Větve jsou silné a šíře, kterou růstem nabývají, zamaskuje, v jakém pořadí se oddělovaly. Tehdy je vhodnější uznat nejistotu, než spekulovat o prvenství.

Z části stromu, kterou vidíme, bude nejstarší místo, kde se strom ztrácí v zemi – u kořene. Kořen je tedy místo, které představuje předka všech sekvencí v alignmentu.