Superstromy
Informace z jednotlivých lokusů spojuje do stromu druhů až po rekonstrukci samostatných stromů genů (obr. 4). Jejich topologie se spojí do superstromu. Základní metodou tvorby superstromu je konsenzus. V kapitole Bootstrap je uvedený princip -ního většinového konsenzu, ale u superstromů se někdy používá i striktní konsenzus. U něj jsou akceptovány jenom ty uzly, které se vyskytují ve všech genových stromech.
Metoda tripletů rozdělí genové stromy na všechny trojice taxonů (triplety), kde dva si jsou vždy blíž příbuzní než kterýkoliv k třetímu. Z tripletů se následně sestaví superstrom, který uvádí i v jakém procentu genových stromů se jednotlivé uzly superstromu vyskytovaly.
Veto metoda je podobně jako striktní konsenzus konzervativní a sestaví superstrom jenom z větvení, na kterých se shodnou všechny genové stromy. Taxony, které mají v některém genovém stromě konflikt, jsou vyřazeny z analýzy.
Obr. 4: Porovnání přístupů rekonstrukce stromu druhů ze supermatice a ze superstromu. Supermatice obsahuje víc informací v posledním kroku, a tak je možné na jej základě rozlišit i uzly (označeno hvězdičkou), které jsou u superstromu součástí polytomie.
