Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Analýza genomických a proteomických datAnalýza sekvencí DNA Bayesiánská inference


Logo Matematická biologie

Bayesiánská inference

Bayesiánská inference (BI) je nejspolehlivější a nejrobustnější metoda pro analýzu sekvencí DNA a rekonstrukci fylogeneze. Umožňuje rekonstruovat fylogenezi a zároveň určovat podporu uzlů stromu, ale je trochu náročnější na uživatelskou erudici. Proto budou přímo v textu uváděny ovládací příkazy a nastavení analýzy v programu MrBayes 3.6.
BI vychází z Bayesova teorému:

a znamená to, že BI určuje posteriorní pravděpodobnost hypotézy (strom, model) při datech (alignment). Z prvků na pravé straně rovnice byla věrohodnost vysvětlena v kapitole ML. je pravděpodobnost hypotézy a priori a  je pravděpodobnost dat , což je konstanta navržená tak, aby byl součet všech posteriorních pravděpodobností pro všechny stromy rovný 1.

V praxi BI používá Markovovy řetězce Monte Carlo (MCMC) k prohledávání krajiny stromů. Nehledá napříč celou krajinou stromů, ale jenom v oblastech, které jsou omezené priorními předpoklady. Pokud nalezne oblast krajiny stromů s vysokou věrohodností, vzorky, které zde otestuje a uloží budou tvořit posterior. Sumarizace posteriorní vzorky pak poskytne robustní fylogenezi.

 

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict