Krajina stromů

Věrohodnost se může vypočítat pro všechny alternativní topologie, které se dají sestavit z daného počtu sekvencí v alignmentu. Skutečně je ale vypočítat může být reálné jenom pro cca. 10 sekvencí, protože počet možných stromů rychle narůstá ( Fylostromy). Z věrohodností pro všechny možné stromy je vytvořená takzvaná krajina stromů (tree space). Nejlepší strom v ním má nejvyšší věrohodnost a v jeho okolí se bude vyskytovat více stromů, které mu budou podobné. Budou tvořit jakýsi vrchol, neboli ostrov, v krajině stromů, na kterém bude globální maximum. Krajina stromů je ale prakticky vždy multimodální a analýzy se mohou zastavit na lokálním maximu. Úlohou rekonstrukce fylogeneze je nalézt vrchol globálního maxima pomocí heuristik bez nutnosti prohledávat celou krajinu stromů.