Sumarizace bootstrapu

Všechny stromy rekonstruované z jednotlivých pseudoreplikací je potřebné zesumarizovat. Při sumarizaci se hodnotí topologie stromu a délky větví se ignorují. Pokud se v bootstrapových pseudoreplikacích vyskytovala jistá skupina, její frekvence v celém vzorku představuje její bootstrapovou podporu (obr. 2).

Strom, ve kterém se nacházejí nejčastější uzly z pseudoreplikací, se nazývá konsenzuální strom a je to vždy kladogram. Konsenzus se sestavuje z těch uzlů, které se vyskytují alespoň v polovině replikací (50% majority rule consenzus). Méně četné uzly jsou v konsenzuálním stromu zkolabované do polytomií.

V literatuře je ale většinou bootstrapová podpora zobrazena na fylogenezi rekonstruované z původních, nepřevzorkovaných, dat. Taková fylogeneze obsahuje i informaci o délce větví a podpora uzlů na ní byla sekundárně doplněna. Nejedná se tedy o konsenzuální strom, sumarizovaný z bootstrapových pseudoreplikací, protože ten skutečně zobrazuje jenom topologii.

Pro interpretaci fylogenetických vztahů je kriticky důležité uvědomit si, že jenom podpořené skupiny by měly být hodnoceny. Bootstrapová podpora, kterou je vhodné považovat za významnou, by měla dosahovat minimálně 70%.