Vlastnosti fylogeneze

Každý fylogenetický strom má topologii. Je to způsob, jak se strom větví, samotné určení vztahů mezi sledovanými sekvencemi. Tento údaj je známý pro každý strom v jakémkoliv formátu zápisu a fylogeneze, která obsahuje jenom informaci o topologii, nazýváme kladogram. Zároveň se jedná o nejdůležitější informaci fylogeneze a je potřeba věnovat zvýšenou pozornost její rekonstrukci a určení podpory pro větvení.

Pokud jsou na fylogenetickém stromě vypočteny i délky větví, strom se nazývá fylogram. Součet délek všech větví představuje délku stromu (tree length) a nejdelší vzdálenost mezi kořenem a špičkou je délka od kořene po špičku (root-to-tip length). Různé analýzy by měly najít stromy s podobnou délkou stromu. U Bayesiánské analýzy je delší nebo kratší strom oproti hodnotě z metody maximální věrohodnosti známkou možných problémů s konvergencí analýzy ( Bayes).

U stromů, které byly rekonstruovány s použitím substitučního modelu, můžeme vypočítat věrohodnost stromu. Vyjadřuje se jako přirozený logaritmus věrohodnosti.