XML v biomedicíně

Na XML dokumenty narazíme dnes téměř všude. Kromě přenosu dat mezi dvěma systémy se používá XML také jako formát konfiguračních souborů softwarových aplikací a taktéž soubory kancelářských balíků jako je např. MS Office jsou ukládány v podobě zazipovaných XML dokumentů dle standardu Office Open XML.

Pokud jde o výměnu dat v oblasti zdravotnictví, narazíme na standardy založené na XML jak v České republice, tak v mezinárodních projektech. V České republice je k výměně klinických a laboratorních dat mezi zdravotnickými zařízeními využívám standard DASTA. Ten je dnes používán ve verzích 3 a 4, kdy nejvýznamnějším rozdílem mezi verzemi je, že verze 3 je definována za pomocí DTD souborů, zatímco verze 4 již využívá XML schémat.  Standard DASTA je specifický pro Českou republiku, v zahraničí se ke stejnému účelu prosadil standard HL7, který spravuje stejnojmenná organizace s centrálou v USA. HL7 standard využívá XML od verze 3, předchozí dodnes široce rozšířená verze 2.x využívá vlastní specifickou syntaxi pro přenos dat. Další mezinárodní organizací, která využívá XML pro definici standardů v oblasti výměny dat v klinickém výzkumu je CDISC. Příkladem standardu, který tato organizace spravuje, je CDISC Operational Data Model (ODM). Tento standard pomocí XML specifikuje, jakým způsobem se mají přenášet, případně archivovat, data klinických studií včetně všech jejich aspektů, jako je podrobná definice struktury hodnocených dat, data o autorství každého záznamu a podrobné auditní záznamy o každé provedené změně v klinických záznamech, která byla v průběhu výzkumu v datech provedena.