Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Základy informatiky pro biologyVýpočetní matematické systémy Výuka jazyka R Grafika v R High-level funkce

Logo Matematická biologie

Pie() a boxplot()

 pie()     koláčový graf pro vektor nezáporných celých čísel

labels     vektor textových hodnot vyjadřující názvy jednotlivých dílů grafu
edges    numerická hodnota udávající počet vrcholů polygonu
clockwise    logická hodnota vykreslení po (TRUE) nebo proti (FALSE, implicitní nastavení) směru hodinových ručiček
init.angle    počáteční úhel pro natočení grafu
density, angle

> kralici <- c(3, 4, 2, 5, 3)
> pie(kralici, angle=30, labels=c("lokalita 1", "lokalita 2", "lokalita 3", "lokalita 4",
+ "lokalita 5"),  col=gray(seq(from=0, to=1, length=5)))
> pie(kralici, edges=5, col=gray(seq(from=0, to=1, length=5)))
> pie(kralici, clockwise=F, init.angle=90, col=gray(seq(from=0, to=1, length=5)))
 
Obr. 7. Počet chycených králíků v jednotlivých lokalitách lesa, ([8])

 

 boxplot()    krabicový graf 

range    vymezuje rozpětí "fousků" grafu, pro kladné range se "fousky" rozpínají do vzdálenosti range IQR (interkvartilová odchylka), pro range=0 se rozpínají od minimální po maximální hodnotu, implicitní nastavení range=1.5
notch    implicitní nastavení notch=FALSE, pro notch=TRUE zobrazuje výřezy po stranách "krabice" (výřezy odpovídají hodnotám )
outline    implicitní nastavení outline=TRUE zobrazuje odlehlé hodnoty, hodnota FALSE odlehlé hodnoty nezobrazuje
names    vektor textových řetězců pro názvy jednotlivých krabicových grafů
horizontal    pro hodnotu horizontal=TRUE vykresluje grafy horizontálně
pars    seznam parametrů k volbě vzhledu krabicového grafu (velikosti "krabic", hodnoty "fousků" a extrémů, typy, šířky a barvy čar, velikosti bodů atd.), více pomocí příkazu help(bxp)


Příkazem (boxplot()) získáme výstupní hodnoty:

stats    matice, jejíž sloupce obsahují informaci o hodnotách dolního "fousu", dolní části krabice, mediánu, horní části krabice a horním "fousu".1
n    vektor počtu pozorování každé skupiny
conf    matice, jejíž sloupce obsahují horní a dolní extrémy výřezů (notch)
out    odlehlé hodnoty
group    vektor stejné délky jako out, jehož prvky uvádějí, do které skupiny patří odlehlé hodnoty
names    vektor názvů skupin

> load(file="dusicnany.dat")    načtení datového souboru (obsah dusičnanů ve studniční vodě, [8])
> boxplot(dusicnany)
> boxplot(dusicnany, range=0)
> boxplot(dusicnany, notch=TRUE, outline=FALSE)
 
> load(file="kyslik.dat")   načtení datového souboru (porovnání dvou metod stanovení obsahu kyslíku ve vodě [mg/l], [8])
> boxplot(kyslik, names=c("metoda A", "metoda B"), horizontal=TRUE,  las=1, xlab="obsah
+ kysliku [mg/l]")
 
Obr. 8. Obsah dusičnanů ve studniční vodě [mg/l]

 

Obr. 9. Porovnání dvou metod stanovení obsahu kyslíku ve vodě [mg/l]
 
> boxplot(kyslik))    výstupní hodnoty
$stats
 
[,1]
[,2]
[1,]
6.4
6.5
[2,]
6.7
6.6
[3,]
6.9
6.9
[4,]
7.0
7.1
[5,]
7.3
7.4

 

> n
[1]   30    30
 
$conf
 
[,1]
[,2]
[1,]
6.81346
6.755766
[2,]
6.98654
7.044234

 

$out
numeric(0)
 
$group
numeric(0)
 
$names
[1]    "metodaA"     "metodaB"

 

 


1 Záměrně jsou uvedeny pojmy jako dolní "fous", dolní část krabice, horní část krabice, horní "fous", protože implicitní nastavení (dolní hradba, dolní kvartil, horní kvartil, horní hradba) může být uživatelem změněno pomocí argumentů range a pars na jiné hodnoty.

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Lékařské fakulty Masarykovy univerzity