Všechny grafy jsou nejprve vytvořeny pomocí high-level funkcí, které vytváří "kompletní" graf. Kompletní v tom smyslu, že jsou automaticky vygenerovány osy, popisky a nadpis (pokud sami nenastavíme jinak). High-level funkce vždy vykreslují nový graf, v případě, že již nějaký graf existuje, přepíší jej. Je důležité si uvědomit, že data k vykreslení mohou být různé objekty - podle druhu objektu grafické funkce následně vykreslují graf.

Argumenty k high-level funkcím:

axes	implicitní hodnota TRUE, nastavení na hodnotu FALSE potlačuje vykreslování os
log	nastavením na hodnoty log="x", log="y", log="xy" budou mít vybrané osy logaritmické měřítko
main	textový řetězec pro název grafu, je umístěn nad grafem
sub	textový řetězec, je umístěn pod grafem a psán menším fontem
type	typ výstupního grafu type="p" vykresluje samostatné body (implicitní nastavení) type="l" linie type="b" přerušované linie s body type="c" přerušované linie bez bodů type="o" body navzájem spojené liniemi type="h" vertikální linie type="s" schodovitý graf s první linií horizontální type="S" schodovitý graf s první linií vertikální type="n" žádné vykreslování dat, vykresleny jsou pouze osy, rozsah souřadného systému závisí na datech
xlab, ylab	textové řetězce pro názvy os x a y, tyto argumenty mění implicitně zadané názvy os při volání high-level funkcí
xlim, ylim	2-prvkový vektor specifikující minimální a maximální hodnotu k vykreslení dané osy

Dále jsou uvedeny nejpoužívanější typy grafů se svými argumenty. Nejedná se o kompletní výčet argumentů, uvedeny jsou pouze ty nejdůležitější. Použitá data jsou uvedena na přiloženém CD.

plot(x) vzhled grafu závisí na povaze vstupních dat. Pro numerický vektor vrací jednoduchý graf s indexy na ose x a hodnotami na ose y, pro matice vrací graf s hodnotami prvního sloupce na ose x a odpovídajícími hodnotami druhého sloupce na ose y (ostatní sloupce jsou ignorovány), pro faktory vykresluje sloupcový graf četností jednotlivých kategorií, pro datové tabulky vykresluje bodový graf závislosti všech proměnných, pro funkce vykresluje hladkou čáru

plot(x, y) jestliže x a y jsou vektory téže délky, funkce vykreslí bodový graf hodnot y na pozicích x. Stejného výsledku můžeme docílit nahrazením argumentů x a y buď seznamem, obsahujícím dvě složky x a y, nebo maticí o dvou sloupcích (viz příkaz plot(x)).

Implicitní vzhled grafu plot(x) a plot(x, y) můžeme upravit pomocí široké škály volitelných argumentů:

main, sub, type
axes, xlim, ylim, xlab, ylab
ann, col, bg, pch, cex, lty, lwd parametry zadávající výpis názvu a popisků os, barvu, barvu pozadí grafu, znaky pro vykreslení bodů a jejich velikost, typ a tloušťku čar. Více informací v odstavci Funkce par().
frame.plot logická hodnota implicitně nastavená na TRUE graf orámuje
asp poměr osy y/x