Úvod do Bioconductor

Projekt Bioconductor (http://www.bioconductor.org/) je nástavba R pro analýzu dat z vysokohustotních genomických a proteomických experimentů. ByI založen v roku 2001. Na začátku byl zaměřen na mikročipové experimenty, pak se postupně přidala analýza dat ze sekvenačních experimentů, hmotnostní spektrometrie, průtokové cytometrie, systémové biologie...
Nyní obsahuje více než 670 specializovaných softwarových balíků a lze říct, že je to nejrozšířenější a nejvíce používaný SW pro analýzu genomických a proteomických dat.

Bioconductor je založen na jazyku R, a proto pro uživatele R není žádný problém ho používat. V dalších kapitolách si ukážeme hlavně instalaci Bioconductoru a jak instalovat balíky z Bioconductoru.

Kurz Analýza genomických a proteomických dat ve svých cvičeních používá právě R a Bioconductor.