Načítání a ukládání

Pro základy načítání a ukládání dat doporučujeme prostudovat Základy informatiky pro biologyVýpočetní matematické systémy Výuka jazyka R První setkání s jazykem R Práce s daty

Soubory automaticky načteny při spuštění R

Zvolíte-li uložit pracovní prostor při ukončení práce s R, R provede automatické uložení pracovního prostoru (objekty) i příkazů:

.Rhistory – Zde se ukládá historie příkazů zadaných při posledním použití R, samozřejmě, zvolíme-li , že tyto příkazy chceme po ukončení práce v R uložit. Při dalším spuštění se tato historie znovu načítá do pracovního prostředí a příkazy jsou opět k dispozici.

.RData – Zde sa ukladá celý R pracovní prostor včetně proměnných a načtených funkcí, zvolíme-li, že je chceme po ukončení práce v R uložit. Při dalším spuštění se všechny proměnné znovu načtou do pracovního prostředí a jsou opět k dispozici.

Při startu programu, R prohledává, jestli defaultní pracovní adresář tyto speciální textové soubory obsahuje. Jejich obsah pak načítá do pracovního prostředí při spuštění: Tyto soubory se načítají automaticky při spuštění R z defaultního pracovního adresáře. V každém adresáři tedy můžete mít soubory .RData a .RHistory s jiným obsahem.

Dalším, méně známým souborem je ". Rprofile" - tento textový soubor obsahuje informace o nastavení R. Při spuštění, R tento soubor hledá v adresáři ze kterého soubor spouštíte, když ho nenajde, tak prohledává adresář, kde je nainstalován.

Obsah takového souboru může vypadat následovně (# slouží pro komentář, vše co je za tímto znakem v daném řádku se ignoruje):

options(editor = "/usr/bin/gedit") # nastavení defaultního programu pro editaci skriptů
setwd("~/Pracovně/Analýzy/") # nastaví pracovní adresář
library(survival) # načte knihovnu survival

Při dalším zpuštění R se pak toto nastavení načte a vy již nebudete muset měnit pracovní adresář, načítat knihovny, které často používáte, nebo vybírat program pro editaci skriptů, který se má spustit při použití funkce edit().