Slovník | Vyhledávání | Mapa webu
 
Základy informatiky pro biologyAnalýza dat v R Rozšířené základy R Rozšířené ovládání R Módy ovládání R

Logo Matematická biologie

Módy ovládání R

Ve své práci se určitě setkáte s oběma základními módy ovládání R:

  1. interaktivní
  2. dávkový (batch)

Interaktivní mód

Spuštění tohoto módu je zřejmě to, co už znáte ze svých zkušeností - probíhá poklikáním na ikonu R (Windows), nebo zadáním $ R do terminálu (Linux, Mac).

Otevře se R konzola s hlavičkou (R verze, copyright ...) Začátek řádku je označený >, zde můžeme zadávat příkazy, následně se interaktivně zobrazují výsledky (v R konzole, grafickém okně a podobně).

Tento mód je nejpoužívanější, je vhodný při explorativní analýze dat, při konstrukci skriptů a funkcí, nebo když chceme analyzovat data interaktivně a vidět/kontrolovat skript a všechny výsledky.

Ukončení probíhá výběrem z menu hlavičky konzoly nebo pomocí příkazu

> q()

nebo pomocí klávesových zkratek CTRL+D (Linux), CMD+D (Mac)
 

Dávkový mód

V tomto módu se příkazy provedou bez přímé interakce s uživatelem. Je vhodný při automatizaci procesu (kód v R už je hotový, chceme jej spustit z BASH, případně jej zanořit do jiného programu - např. Python)

Dávkový mód probíhá v terminálu a má smysl hlavně u Linuxu a Mac.

Forma příkazu v terminálu je následovná:

$R CMD command ...
 

Pro spuštění R (na pozadí) a provedení všech příkazů v textovém souboru priklad.R

$R CMD BATCH priklad.R


Kromě toho, že provede všechny příkazy, vytvoří i textový soubor prikaz.Rout, ve kterém je zkopírovaná R konzola a příkazy v ní provedeny - velmi praktické při zjišťování, jak proběhlo provedení příkazu.

Uvádíme přehled nejvíce používaných příkazů v dávkovém módu:

Instalace balíku
$ R CMD INSTALL package.tar.gz

Odinstalování balíku
$ R CMD REMOVE package

Vytvoření R balíku
$ R CMD build package/

Kontrola R balíku
$ R CMD check package

 
vytvořil Institut biostatistiky a analýz Masarykovy univerzity | | zpětné odkazy | validní XHTML 1.0 Strict